Entonces llegó la verdadera fundación. Un pequeño grupo de capitanes, soldados, aliados indígenas mexicas y tlaxcaltecas —junto con un escribano público— preparó oficialmente el nuevo asentamiento. Según las crónicas de Fray Antonio de Remesal, eran aproximadamente cincuenta y siete españoles.
El 31 de marzo de 1528 quedó firmada el Acta de Fundación de Villa Real de San Cristóbal. Junto a Oaxaca, Mérida y Guatemala, esta ciudad se convirtió en uno de los principales asentamientos hispanoamericanos de la región.
Villa Real y Ciudad Real
En 1528 llegó a Chiapas el conquistador Diego de Mazariegos, enviado por la Corona española. Avanzó hasta la zona acompañado de soldados, aliados indígenas mexicanos y tlaxcaltecas, sacerdotes y funcionarios reales.
Al principio, el asentamiento se ubicó cerca de Chiapa de los Indios (lo que hoy conocemos como Chiapa de Corzo). Sin embargo, las condiciones del lugar eran complicadas: el clima era hostil, había inundaciones constantes y los conflictos con los pueblos originarios obligaron a los españoles a trasladarse hacia los Altos de Chiapas. Pronto entendieron que necesitaban una ciudad fortaleza desde donde controlar políticamente todo el territorio conquistado.
El 31 de marzo de 1528, en el valle de Jovel, se estableció definitivamente la ciudad. La nueva fundación recibió el nombre de Villa Real de Chiapa.
Y ese nombre lo decía todo: desde el inicio, San Cristóbal fue una ciudad «dual», una ciudad española sostenida por trabajo indígena:
Además, la ciudad nació dividida socialmente desde su origen:
Desde sus primeros años, la ciudad se organizó como centro político, militar y religioso del dominio colonial. Con el paso del tiempo, la Corona española le otorgó la categoría de ciudad y comenzó a conocerse como Ciudad Real de Chiapa. Curiosamente, la palabra «Real» no aludía a lujos ni belleza arquitectónica: era una señal de subordinación política al rey de España.
Durante más de tres siglos, Ciudad Real fue:
Todas sus construcciones —conventos, iglesias y edificios públicos— fueron levantadas principalmente por los frailes dominicos.
Las investigaciones históricas posteriores revelaron que la ciudad fue diseñada como una villa colonial clásica: con un trazado en damero, una plaza central, y edificios administrativos e iglesias dispuestos alrededor del poder político. Todo debía obedecer a un orden: se trazaron calles rectas, se delimitaron barrios y se repartieron solares entre los conquistadores.
En el centro quedó claramente delineada la Plaza Mayor, y a su alrededor se alzaron los símbolos del poder colonial: la ermita de la Anunciación, las casas consistoriales, el mesón, la cárcel y los edificios administrativos.
La plaza principal se convirtió en el corazón del dominio español. Desde allí se organizaron las encomiendas, los tributos y la evangelización. Muchos años más tarde, en aquella misma plaza se instalaría un pequeño mercado para el intercambio de productos locales.
Diez años después, el 19 de marzo de 1539, mediante una bula del Papa Paulo III, fue creada oficialmente la primera diócesis católica de Chiapas con sede en Ciudad Real. La ciudad dejó de ser solamente una villa militar, ahora era también centro religioso. Los dominicos comenzaron a expandir su influencia, las iglesias crecieron, los conventos se multiplicaron, y Chiapas quedó incorporada plenamente al proyecto espiritual del imperio español.